Nueve meses después de su muerte abrieron el ataúd y comprobaron que el cuerpo estaba entero y los vestidos podridos. Antes de devolver el cuerpo al cofre de enterramiento la diseccionaron una mano que envolvieron en una toquilla y la llevaron a Ávila. De esa mano cortó el Padre Gracián el dedo meñique y, según su propio relato, lo mantuvo con él hasta que fue hecho prisionero por los turcos. Lo rescató a cambio de unas sortijas y 20 reales de la época.
Reunido el capítulo de los Descalzos, acordó que el cuerpo de Teresa debía volver a Ávila y ser custodiado en el convento de San José. Se hizo el traslado un sábado de noviembre de 1585, casi en secreto.
Comenzaba así un largo litigio por la posesión de un tesoro muy codiciado: el cuerpo de la Madre Teresa. El traslado a la ciudad de Ávila fue la causa de uno de los primeros repartos: el brazo izquierdo se dejó como reliquia de consolación a las hermanas de Alba de Tormes. Devuelto el cuerpo de la Santa a la villa Ducal por decisión del Papa Sixto V el 23 de Agosto de 1586; en 1591, cuando el obispo de Salamanca instruye el proceso de beatificación de la Santa, con el fin de esclarecer si el cuerpo de la Santa había sido embalsamado, hizo venir de Salamanca a médicos muy famosos, para examinarlo. Fue entonces cuando al cuerpo de Teresa le extrajeron el corazón. Dicho corazón se conserva en un precioso relicario regalo del duque de Tarsis D. Junetín Duria. Ambas reliquias, están expuestas a la veneración de los fieles en la Sala de Santa Teresa de la Iglesia del Monasterio.
Después de estos hechos no la volvieron a trasladar más, pero se sacaron varias reliquias:
- El pie derecho y parte de la mandíbula superior están en Roma.
- La mano izquierda, en Lisboa.
- El ojo izquierdo y la mano derecha, en Ronda (España).
- El brazo izquierdo y el corazón, en sendos relicarios en el museo de la iglesia de la Anunciación en Alba de Tormes. Y el cuerpo incorrupto de la Santa en el altar mayor, en un arca de mármol jaspeado custodiado por dos angelitos, en dicha iglesia.
- Dedos y trozos de carne, esparcidos por España y otros países.